Szamanizm był pierwotną religią koczowników. Jego zasadniczym elementem jest ubóstwianie sił przyrody i składanie im ofiar. Szamanizm nie stanowi jednolitego systemu religijnego, brak w nim bowiem uporządkowanej doktryny - jest to raczej dość chaotyczny zespół wierzeń, który w różnych obszarach Azji posiadał różne odmiany, ale były pewne elementy wspólne: podział wszechświata na świat górny, środkowy, dolny, rola szamanów jako pośredników między tymi światami. Tym co odróżniało szamanizm mongolski choćby od buriackiego była wiara w najwyższe bóstwo. Dla Mongołów było nim Niebo (Tengri) - źródło wszelkiego życia, Wysyła ono na ziemię swojego wysłannika - istotę wyższą, często cudownie zrodzoną, dokonującego tam wielkich czynów. Następne bóstwo stanowiła Ziemia (Etuken lub Eke Etuken - Matka Ziemia) - nadająca formy wszystkim tworom. Podobnie czczono słońce, księżyc, wodę, a także inne elementy przyrody.
Mongołowie czcili także ogień, a w szczególności ognisko domowe, zaś duch ogniska domowego był zgodnie z wierzeniami duchem opiekuńczym. Ognia więc nie wolno było obrazić rzucaniem doń nieczystości, odpadków, wkładaniem ostrych przedmiotów. Należało natomiast przed posiłkiem wrzucić do niego najsmaczniejsze kąski. Oprócz kultu ognia bardzo rozpowszechniony był też kult zwierząt, a także kult przodków. Wizerunki zmarłych, nazywane ongonami, umieszczano w jurtach. Miały one zapewnić powodzenie gospodarzom, a także pomoc w przypadku chorób i innych nieszczęść. Cześć oddawana bóstwom wyrażała się głównie w składaniu im ofiar. Oddawano bóstwom cząstkę napojów i pokarmów - rytuał kropienia w cztery strony świata przetrwał do dziś.
Pośrednikiem pomiędzy ludźmi a bogami jest szaman lub szamanka.
Wierzenia szamańskie za chowały się w Mongolii jedynie w szczątkowej formie. Wiele elementów szamańskich przejął buddyzm. Najbardziej widocznymi dziś pozostałościami szamanizmu są owoo - kamienne kopce często usypane na wzgórzach, przy których składano ofiary bóstwom. Także wiele rytuałów powszechnych i dziś wiąże się z kultem przodków, duchów opiekuńczych czy innych elementów przyrody. Są jednak jeszcze w Mongolii nieliczne ludy wciąż kultywujące szamanizm, np. plemię Caatan, żyjące w Sajanach na północy Mongolii.
Religia, którą wyznają Mongołowie obecnie - buddyzm, przesiąknięta jest pierwiastkami szamańskimi, w których akcenty związane z siłami przyrody są wciąż żywe.
Tybetańska wersja buddyzmu, zwana lamaizmem (od nazwy buddyjskich duchownych - lamów), pojawiła się w Mongolii już za czasów imperium. Za lamaizmem opowiadał się zdecydowanie chan Kubiłaj, dzięki któremu religia ta cieszyła się dość dużą popularnością w państwie mongolskim. Upadek dynastii mongolskiej w Chinach zahamował rozprzestrzenianie się lamaizmu na kilka wieków. Dopiero pod koniec XVI w. nastąpiła ponowna ekspansja tego systemu religijnego na tereny mongolskie. Wiązało się to z najazdem feudałów południowo mongolskich na Tybet, którzy zawiązali porozumienie z kastą lamów tybetańskich. Lamaizm rozprzestrzenił się na terenach Mongolii bardzo szybko. Przyjął go Altanchan, dostosowując jednak jego wymogi do warunków życia koczowniczego - zezwolono m.in. na jedzenie mięsa i zabijanie zwierząt. Kolejny mongolski władca będący wyznawcą lamaizmu, Abataj- chan, kazał wybudować klasztor Erden Dzuu który ukończono w 1586 r. Wkrótce potem cała Mongolia pokryła się siecią klasztorów. Także liczba lamów szybko rosła - tendencje te utrzymywały się nieprzerwanie aż do końca pierwszego ćwierćwiecza XX w. Mongolski lamaizm wyróżniał się rozbudowanym rytuałem, ogromną liczbą bóstw, duchów, świętych i demonów. Demony, zazwyczaj przedstawiane w wyjątkowo groźnej postaci, są jednak obrońcami religii. W mongolskim lamaizmie powszechnym jest także kult duchów gór czy jezior. Wyraźnie zauważa się tutaj wpływy pierwotnego szamanizmu.
Lamaizm rozwijał się w Mongolii bez przeszkód do roku 1924 (bez przeszkód - jeśli pominąć pewne ograniczenia stosowane przez administrację chińską w czasach uzależnienia od Chin). W okresie komunizmu zupełnie zlikwidowano kościół lamajski w Mongolii. Najbardziej masowe działania antylamajskie podejmowano w czasach stalinizmu. Zamordowano wtedy tysiące mnichów, wielu zmuszono do ucieczki. Większość klasztorów zrównano z ziemią, posągi bóstw lamajskich rozbijano, zrzucano do rzek. Klasztorów zachowało się zaledwie kilka, w tym Erden Dzuu w Charchorin i Gandan w Ułan Bator.
Mimo 70 lat rządów komunistycznych, które wiązały się z przymusową ateizacją społeczeństwa (wymordowanie prawie wszystkich mnichów i wyburzenie prawie wszystkich świątyń), w ostatnich latach obserwuje się wyraźne odrodzenie religijne. Klasztory ponownie zapełniają się mnichami, a ukrywana do tej pory obrzędowość religijna jest swobodnie manifestowana. Nie mniej jednak trudno będzie powrócić do wskaźników religijności sprzed rewolucji, gdzie 30% męskiej populacji żyło w celibacie, w klasztorach, nie wykonując żadnej pracy.